Si se destina parte del importe de la venta de vivienda habitual a amortizar el préstamo pendiente por su adquisición ¿está exenta la ganancia patrimonial obtenida?

Sí. Siempre que se reinvierta el valor obtenido en la venta menos el principal pendiente de amortizar, quedará exenta la totalidad del importe de la ganancia patrimonial obtenida.

Así, si vende la vivienda por 150.000 euros obteniendo una ganancia de 48.000 y ha destinado 60.000 euros a la amortización del principal del préstamo solicitado para su adquisición, el valor de transmisión que debe reinvertirse para que el importe total de la ganancia patrimonial quede exento es: 150.000 - 60.000 = 90.000 euros.

Normativa
Artículo 41 .1 Real Decreto 439 / 2007 , de 30 de marzo de 2007 .
Consulta Vinculante de la D.G.T. V 1006 - 2008 , de 21 de mayo de 2008